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Me han salido unas humedades en las tres habitaciones y el dueño dice para arreglarlo y que paguemos la mitad y no nos sube el alquiler, es legal? solo hace 4 años que vivimos

El acuerdo puede ser legal, pero Vd. sale perdiendo. El propietario puede ponerle fin al contrato en cualquier momento, ya que el suyo tuvo sólo tres años de prórroga forzosa y actualmente se puede terminar al cabo de cualquiera de las anualidades. El incremento de la renta únicamente puede ser el pactado, seguramente ipc, y la reparación va a ser más costosa.
En realidad el arrendador es quien tiene que hacerse cargo de la totalidad de la reparación sin derecho a subir la renta por ello.