Hacienda tiene unas tablas en las que en función del valor catastral (IBI) y la ubicación de la finca, aplica un porcentaje para determinar el valor de la finca que acepta como real. Si Vd. escritura por debajo de dicho valor, corre el riesgo de que le hagan una comprobación de valores y le "corrijan" el valor declarado a efectos de impuestos.
Por otra parte, aunque ahora le salga más caro, le conviene declarar el valor que realmente pague, puesto que si no no podrá deducirse la totalidad de lo invertido en adquisición, y además cuando Vd. venda la casa, si lo hace, la plusvalía será mayor, ya que será mayor la diferencia entre el precio por el que Vd. declaró haberla comprado, y el precio de venta.
Pero bueno. En respuesta clara a su pregunta. Puede declarar el precio que le parezca, si lo hace de mutuo acuerdo con el vendedor.