El Catastro es un Registro FISCAL, así que desde luego la existencia de la vivienda no puede ser negada pues ha sido comunicada voluntariamente a Hacienda.
Y da igual si en el Catastro sólo lo inscribió a su nombre, pues el Catastro no determina en absoluto quién sea el propietario de la vivienda.
El hecho de que la Obra Nueva no esté inscrita en el Registro de la Propiedad no quiere decir ni que la vivienda no exista ni que no tenga propietario. Existe, como lo demuestra el Catastro, y en principio hay que presumir, en virtud de las normas de la accesión, que pertenecía a ambos proindiviso al 50%, es decir, en la misma proporción que el suelo.
Por lo tanto el proindiviso disuelto -con exceso de adjudicación puesto que se ha quedado Vd. el 100% imagino que a cambio de una compensación a la otra parte- hay que entender que tiene por objeto tanto el suelo como la edificación incorporada en virtud del principio de accesión, pues no se ha separado el uno de la otra. Para ello sí que habría sido necesario inscribir la Obra Nueva en el Registro de la Propiedad y a continuación, seguir el correspondiente procedimiento de segregación. Pero al no hacerlo, se tratan como una unidad.
Por lo tanto, el objeto del proindiviso lo forman tanto el suelo como la vivienda. Y esto no es algo voluntario, es una consecuencia legal del principio de accesión, y de no estar formalmente segregados.
No sé si la comprobación de valor ha tenido lugar respecto al Impuesto de Transmisiones Patrimoniales, Actos Jurídicos Documentados, o respecto a la ganancia patrimonial del IRPF de la otra parte... pero desde luego jamás le podrán gravar dos veces por el mismo tributo y concepto.
En cualquier caso, en mi opinión, Hacienda tiene argumentos sólidos para mantener su posición.
Me extraña muchísimo que un compañero y un notario mantengan una posición distinta, salvo que se den otras circunstancias que no haya comentado.
Por cierto, ¿quién se ha quedado la vivienda?