En la construcción siempre cabe la posibilidad de que surjan imprevistos, ya que hasta que no se mete uno manos a la obra no tiene oportunidad de detectar problemas latentes. Ya que el presupuesto que dio la empresa está en la media de lo que presupuestaron las demás todo hace suponer que cuando en su día valoraron la obra a realizar lo hicieron de buena fe, a partir de las circunstancias que todas las empresas coincidían en apreciar.
Mi consejo es que se contrate un aparejador independiente de la empresa constructora para que lleve a cabo un control de la ejecución. Es la única manera de no quedar sometido al criterio de la constructora.
En cuanto a la pregunta que hace en concreto, lo normal es firmar un contrato de obra detallado en el que se especifican las partidas incluidas así como la forma en la que se facturarán las partidas imprevistas. En cuanto a si la reparación de los daños estaba incluida o no, debe Vd. leer el contrato con detenimiento, ya que unas partidas pueden estar implícitamente incluidas en otras. Sin ver el contrato no le puedo decir nada más concreto.